A partir de 1998, o Programa enfatizou, tanto no Mestrado quanto no Doutorado, a estruturação das atividades de pesquisa agrupadas em Campos de Confluência, que abrigavam 13 linhas de pesquisa, nas quais se organizavam os professores e os pós-graduandos. Seminários internos promovidos nos anos de 2013 e 2014 levaram à decisão de adotar somente a organização em Linhas de Pesquisa, agrupadas em 7 denominações que contemplam as áreas temáticas e abordagens teórico-metodológicas das pesquisas realizadas por professores e alunos.
Ênfases – Didáticas das Ciências, Formação de Professores de Ciências.
Professores – Bruno Alves Dassie, Diego Carlos Pereira, Dinah Vasconcellos Terra, Everardo Paiva de Andrade, Fabiano dos Santos Souza, Mônica Vasconcellos, Sandra Lúcia Escovedo Selles e Shaula Maíra Vicentini de Sampaio.
Ênfases – História social da educação, Classes Sociais, Gênero. Raça e Educação, Práticas Sociais e Educativas de Jovens e Adultos.
Professores – Adriano Vargas Freitas, Dagmar de Mello e Silva, Hustana Maria Vargas, Iolanda de Oliveira, Maria Cecília de Castello Branco Fantinato e Marília Etienne Arreguy.
Ênfases – Cotidiano da Escola e dos Movimentos Populares, Alfabetização dos alunos e alunas das classes populares.
Professores – Ana Paula Massadar Morel, Carmen Lucia Vidal Pérez, José Valter Pereira, Maria Teresa Esteban do Valle e Nívea Maria de Silva Andrade.
Ênfases – Filosofia, Estética e Sociedade.
Professores – Elizandra Garcia da Silva, Giovanni Semeraro, Rodrigo Lima Ribeiro Gomes e Victor Leandro Chaves Gomes.
Ênfases – Democracia, Educação, Juventude e Intelectuais como categoria sócio-histórica.
Professores – Claudia Maria Costa Alves de Oliveira, Elionaldo Fernandes Julião, José Antônio Miranda Sepúlveda, Marcos Marques de Oliveira e Paulo César Rodrigues Carrano.
Ênfases – Produção de subjetividades e conhecimentos em suas relações com processos educativos e culturais, Processos de produção de linguagem, identidades culturais e práticas educativas.
Professores – Eda Maria de Oliveira Henriques, Jader Janer Moreira Lopes, Luciana Esmeralda Ostetto, Maria Angélica Augusto de Mello Pisetta e Zoia Ribeiro Prestes.
Ênfases – Avaliação de políticas e financiamento da educação, Filosofia Política e Processos Históricos em Educação, Formação de Profissionais de Educação.
Professores – Flávia Monteiro de Barros Araújo, Iduína Edite Mont’Alverne Braun Chaves, Pablo Silva M. Bispo dos Santos, Valdelúcia Alves da Costa e Waldeck da Silva.
Ênfases – Reconstrução histórica da relação Trabalho e Educação, O mundo do Trabalho e a Formação Humana.
Professores – Domingos Leite Lima Filho, Inny Bello Accioly, Jacqueline Pereira Ventura, Lia Vargas Tiriba, Maria Ciavatta, Regis Eduardo Coelho Arguelles da Costa, Sonia Maria Rummert e Zuleide Simas da Silveira.
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