A partir de 1998, o Programa enfatizou, tanto no Mestrado quanto no Doutorado, a estruturação das atividades de pesquisa agrupadas em Campos de Confluência, que abrigavam 13 linhas de pesquisa, nas quais se organizavam os professores e os pós-graduandos. Seminários internos promovidos nos anos de 2013 e 2014 levaram à decisão de adotar somente a organização em Linhas de Pesquisa, agrupadas em 7 denominações que contemplam as áreas temáticas e abordagens teórico-metodológicas das pesquisas realizadas por professores e alunos.
Ênfases – Didáticas das Ciências, Formação de Professores de Ciências.
Professores – Bruno Alves Dassie, Diego Carlos Pereira, Dinah Vasconcellos Terra, Everardo Paiva de Andrade, Fabiano dos Santos Souza, Maria Jacqueline Girão Soares de Lima, Mônica Vasconcellos de Oliveira Farias, Sandra Lúcia Escovedo Selles e Shaula Maíra Vicentini de Sampaio.
Ênfases – História social da educação, Classes Sociais, Gênero. Raça e Educação, Práticas Sociais e Educativas de Jovens e Adultos.
Professores – Adriano Vargas Freitas, Dagmar Mello e Silva, Hustana Maria Vargas, Iolanda de Oliveira, Maria Cecília de Castello Branco Fantinato e Marília Etienne Arreguy.
Ênfases – Cotidiano da Escola e dos Movimentos Populares, Alfabetização dos alunos e alunas das classes populares.
Professores – Ana Paula Massadar Morel, Carmen Lucia Vidal Pérez, José Valter Pereira, Maria Teresa Esteban do Valle e Nívea Maria de Silva Andrade.
Ênfases – Filosofia, Estética e Sociedade.
Professores – Elizandra Garcia da Silva, Fernando Roberto de Freitas Almeida, Giovanni Semeraro, Rodrigo Lima Ribeiro Gomes e Victor Leandro Chaves Gomes.
Ênfases – Democracia, Educação, Juventude e Intelectuais como categoria sócio-histórica.
Professores – Claudia Maria Costa Alves de Oliveira, Elionaldo Fernandes Julião, José Antônio Miranda Sepúlveda, Marcos Marques de Oliveira e Paulo César Rodrigues Carrano.
Ênfases – Produção de subjetividades e conhecimentos em suas relações com processos educativos e culturais, Processos de produção de linguagem, identidades culturais e práticas educativas.
Professores – Eda Maria de Oliveira Henriques, Jader Janer Moreira Lopes, Luciana Esmeralda Ostetto, Maria Angélica Augusto de Mello Pisetta, Marisol Barenco Correa de Mello e Zoia Ribeiro Prestes.
Ênfases – Avaliação de políticas e financiamento da educação, Filosofia Política e Processos Históricos em Educação, Formação de Profissionais de Educação.
Professores – Flávia Monteiro de Barros Araújo, Iduína Edite Mont’Alverne Braun Chaves, Pablo Silva M. Bispo dos Santos, Valdelúcia Alves da Costa e Waldeck da Silva.
Ênfases – Reconstrução histórica da relação Trabalho e Educação, O mundo do Trabalho e a Formação Humana.
Professores – Domingos Leite Lima Filho, Inny Bello Aciolly, Jacqueline Pereira Ventura, Lia Vargas Tiriba, Maria Ciavatta, Regis Eduardo Coelho Arguelles da Costa, Sonia Maria Rummert e Zuleide Simas da Silveira.
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